Ένας νίντζα εναντίον ενός άλλου νίντζα! Και η Σάκουρα βρίσκεται στη μέση! Με τους Τέσσερις Νίντζα του Ήχου να παραμονεύουν και τον Λη σε κρίσιμη κατάσταση στο νοσοκομείο, οι τρεις φίλοι οδηγούνται σε ένα αβέβαιο μέλλον και διαπιστώνουν ότι τον δρόμο προς την ενηλικίωση μερικές φορές θα τον βαδίζουν χωριστά....
Ένας κανονικός πόλεμος μεταξύ των ισχυρότερων νίντζα ξεσπάει, καθώς ο Ναρούτο, η Τσουνάντε, ο Τζιράγια και η Σιζούνε πολεμούν με τον Οροτσιμάρου και τον Κάμπουτο, ο οποίος δεν είναι τόσο ήπιος κι αδύναμος όσο φαινόταν αρχικά....
Τι ζητά ο μεγάλος αδερφός του Σάσουκε, ο Ιτάτσι από τον Ναρούτο; Γιατί εμφανίστηκε ξαφνικά μετά από τόσα χρόνια και ποιο είναι το σκοτεινό παρελθόν που κρύβει; Ποιοι είναι οι Ακατσούκι;
Καθώς ο Τζιράγια εκπαιδεύει τον Ναρούτο να ξεπεράσει τα όρια του, αρκετά μυστικά του παρελθόντος αποκαλύπτονται και ένας μυστηριώδης σινόμπι, με αμφιλεγόμενη φήμη, που θα μπορούσε να αλλάξει τα πάντα, έρχεται στο προσκήνιο....
Η ένταση της μάχης ανάμεσα στο Ναρούτο και τον Γκάαρα αυξάνεται ολοένα και περισσότερο και ο Ναρούτο αρχίζει όχι μόνο να καταλαβαίνει τον αντίπαλό του, αλλά και να τον συμπονά....