Η συλλογή διαιρείται σε τρεις ενότητες. Η πρώτη ενότητα προσδιορίζεται από το εναρκτήριο ποίημα ‘‘Η πλημμύρα’’, το οποίο έδωσε και το όνομά του στη συλλογή, και αποτελείται από 14 ποιήματα, σε ελεύθερο στίχο. Η δεύτερη ενότητα Περιηγητής περιλαμβάνει 15 ποιήματα, μεταξύ των οποίων εντοπίζονται πολλά ομοιοκατάληκτα όπως «1967, η ελπίδα», ‘’Καντάδα’’, ‘’Βάλε να πιώ’’ κ.ά. Στη δεύτερη ενότητα σε αντίθεση με την πρώτη υπάρχει μια πιο προσωπική απόχρωση καθώς σε αρκετά ποιήματα εντοπίζεται το ερωτικό στοιχείο και η απεύθυνση της ποιητικής φωνής στη γυναίκα-σύντροφο, στη γυναίκα που γεννά τον πόθο, στη γυναίκα καθολικά (…) Η τρίτη ενότητα Λιποτάχτες αποτελείται από 16 ποιήματα και ενώ ταυτίζεται με την ομώνυμη πρώτη ποιητική συλλογή του Γιάννη Θεοδωράκη, παρουσιάζει ορισμένες διαφορές τις οποίες παραθέτουμε. Στην ενότητα Λιποτάχτες υπάρχουν 2 ποιήματα που δεν περιλαμβάνονται στην ομώνυμη πρώτη συλλογή (‘’Άλλη μια φορά’’ και ‘’Χάθηκα’’) ενώ αντίθετα δεν περιλαμβάνονται τα 4 εξής ποιήματα της πρώτης συλλογής: Ε, Η, Ι, Θ. Συσχετίζοντας τις τρεις ενότητες που απαρτίζουν την Πλημμύρα θα μπορούσαμε να υποστηρίξουμε ότι συμβάλλουν στην προβολή των σκέψεων και των προβληματισμών του ποιητικού υποκειμένου σε έναν ανεστραμμένο χρονικά ορίζοντα (από το παρόν στο παρελθόν) γεγονός που υποστηρίζεται και από την υφολογική και μορφολογική διαφοροποίηση της πρώτης ενότητας από τις άλλες δυο και που βοηθά τον αναγνώστη να αφουγκραστεί την πορεία στη διαμόρφωση της ποιητικής φωνής του Γιάννη Θεοδωράκη.